หลวงปู่ดี ท่านเกิดเมื่อวันที่ 29 มกราคม พ.ศ. 2416 ตรงกับรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ณ บ้านทุ่งสมอ อำเภอพนมทวน จังหวัดกาญจนบุรี เป็นบุตรของคุณพ่อเทศ และคุณแม่จันทร์ เอกฉันท์ มีพี่น้องร่วมบิดามารดา 9 คน ท่านเป็นลูกคนที่ 7 บรรพชาเป็นสามเณรเมื่อปี พ.ศ. 2434 ณ วัดทุ่งสมอ โดยมีท่านอาจารย์รอดซึ่งมีศักดิ์เป็นปู่ของท่าน เป็นพระอุปัชฌาย์ บวชเป็นสามเณรอยู่เป็นเวลาอยู่ 6 เดือนก็ลาสิกขาบท ต่อมาเมื่อมีอายุครบเกณฑ์จึงได้อุปสมบทเป็นพระภิกษุเมื่อปี พ.ศ. 2437 ณ วัดทุ่งสมอ โดยมีพระครูวิสุทธิรังษี (ช้าง) วัดบ้านทวน เป็นพระอุปัชฌาย์ พระอาจารย์รอด วัดทุ่งสมอ เป็นพระกรรมวาจาจารย์

ท่านถึงแก่มรณภาพเมื่อปี พ.ศ. 2510 รวมสิริอายุได้ 94 ปี 73 พรรษา